Restructure Eshell extension modules documentation

This adds a section for documenting all the optional modules.

Do not merge to master.  This is a backport of f2981a1681d.

* doc/misc/eshell.texi (Extension modules): Move explanation about
writing modules to...
(Writing a module): ... here.
(Module testing): Remove.  Testing an Eshell module doesn't require
any special documentation.
(Key binding, Smart scrolling, Electric forward slash): Move under...
(Optional modules): ... here.
(Directory handling, Terminal emulation): Remove.  These modules are
enabled by default, and so are documented above.
(Tramp extensions, Extra built-in commands): New sections.

; * doc/misc/eshell.texi (Bugs and ideas): Remove implemented feature.

Do not merge to master.  This is a backport of 194de36ca9f.

; * src/lisp.h (struct Lisp_Overlay): Update commentary (bug#64580).

Replace duplicate text from epa.texi by a reference

* doc/misc/auth.texi (GnuPG and EasyPG Assistant Configuration):
Replace duplicate text from epa.texi by a reference to
that. (Bug#64154)

Add basic usage information and fix references

* doc/misc/epa.texi (Top): Add menu entry for new node GnuPG Pinentry.
(Quick Start): Add information on and reference to basic GnuPG
configuration.
(Encrypting/decrypting gpg files): Add usage information.
(GnuPG version compatibility): Update version information.
(GnuPG Pinentry): Add new node.
(Caching Passphrases): Describe mandatory gpg-agent usage for GnuPG
2.0 and later.
(Overview, Encrypting/decrypting gpg files, GnuPG version compatibility)
(Caching Passphrases, Bug Reports): Fix references, terminology,
mark-up, and index entries.  (Bug#64154)

Add concept index, title-case structure titles

* doc/misc/epa.texi (Top, Overview, Commands, Key management)
(Cryptographic operations on regions, Cryptographic operations on files)
(Dired integration, Mail-mode integration)
(Encrypting/decrypting gpg files, Querying a key server)
(GnuPG version compatibility, Caching Passphrases)
(GNU Free Documentation License): Add concept index, title-case
structure titles.  (Bug#64154)

; * lisp/emacs-lisp/lisp.el (raise-sexp): Fix typo in doc string.

; * doc/misc/modus-themes.org: Fix whitespace (bug#64548).

Fix show-paren-mode when the parentheses is partially visible

* lisp/paren.el (show-paren-function): Support the case where the
open paren is partially visible, but enough so to not consider it
"off-screen".  (Bug#64547)

; Improve documentation of with-restriction

* lisp/subr.el (with-restriction):
* doc/lispref/positions.texi (Narrowing): Make it clear that the
argument is evaluated and that the result of the evaluation must
not be nil.

; * admin/git-bisect-start: Update failing commits

Merge branch 'scratch/bug64391' into emacs-29

* lisp/net/tramp.el (tramp-get-buffer-string): Stabilize.

Fix stale cache in Tramp (don't merge)

* lisp/net/tramp-sh.el (tramp-do-copy-or-rename-file-directly):
Flush cache in time.

Mark failing icalendar test as unstable (bug#56241)

* test/lisp/calendar/icalendar-tests.el
(icalendar-export-bug-56241-dotted-pair):
This test started failing early July 2023 in multiple branches at
once without any change to the code and is likely sensitive to the
current date.  Tag it to keep it quiet for now.

; * src/coding.c (Fcoding_system_put): Improve doc string.

; * doc/lispref/keymaps.texi (Key Binding Commands): Fix typo.

; Improve documentation of 'vertical-motion' in ELisp manual

* doc/lispref/positions.texi (Screen Lines): Improve the
documentation of 'vertical-motion'.

; * src/indent.c (Fvertical_motion): Doc fix.

Simplify after adding internal function to enter a labeled restriction

* src/editfns.c: (Finternal__labeled_narrow_to_region): Merge the
code of Finternal__label_restriction into this function.
(Finternal__label_restriction): Remove this function.
(syms_of_editfns): Remove the 'outermost-restriction' buffer local
variable, which is not used anymore, and the symbol of
'internal--label-restriction'.
(Fwiden): Remove the call to reset the 'outermost-restriction'
buffer local variable.

Add internal function to enter a labeled restriction

* src/editfns.c (Finternal__labeled_narrow_to_region): New
function.  A specific function is necessary to avoid unnecessary
slowdowns when 'narrow-to-region'/'widen' are called in a loop.
(Fnarrow_to_region): Remove the call to Fset, which has been moved
into Finternal__labeled_narrow_to_region.
(labeled_narrow_to_region): Use the new function.
(syms_of_editfns): Add the symbol of the new function.

* lisp/subr.el (internal--with-restriction): Use the new function.

; * lisp/dired.el (dired-no-confirm): Doc fix.  (Bug#64493)

; Improve documentation of key-binding commands

* doc/lispref/keymaps.texi (Key Binding Commands): Improve the
documentation of arguments expected by key binding commands.

* lisp/keymap.el (keymap-set, keymap-global-set)
(keymap-local-set, keymap-global-unset, keymap-local-unset)
(keymap-unset, key-parse): Doc fixes.

Improve natnump shortdoc

* lisp/emacs-lisp/shortdoc.el (number): Make it clear that zero
satisfies 'natnump'.  Move 'natnump' next to 'cl-plusp' to highlight
the difference between them.

correct info documentation of benchmark-call

* doc/lispref/debugging.texi (Profiling): 'benchmark-call' is a defun,
not a macro.

* lisp/progmodes/grep.el (rgrep): Fix docstring.

Instead of the incorrect key `M-c' produce the right key
with \\<read-regexp-map>\\[read-regexp-toggle-case-fold].

; Fix documentation of minibuffer-completion commands

* doc/emacs/mini.texi (Completion Commands): Index more keys and
commands.  (Bug#64425)

; Fix typos in documented names of keymap-* functions

* doc/lispref/keymaps.texi (Functions for Key Lookup): Fix typos
in function names.  (Bug#64434)

Include a help-echo for flymake's modeline counters

This helps clarify what each of these numbers mean.  This is inspired
by 'compilation-mode-line-errors' which does the same.
* lisp/progmodes/flymake.el (flymake--mode-line-counter): Add
help-echo to mode line properties.  (Bug#64424)

Avoid errors in completion due to 'completion-regexp-list'

* doc/lispref/minibuf.texi (Basic Completion):
* src/minibuf.c (syms_of_minibuf) <completion-regexp-list>:
Document that global non-nil settings of 'completion-regexp-list'
are not safe.

* lisp/minibuffer.el (completion-pcm--merge-completions): Avoid
errors in 'try-completion' when PREFIX is nil.  (Bug#64351)

; * lisp/register.el (register-val-describe): Doc fix.

; Fix two typos in recent changes in the manual

* doc/lispref/text.texi (Property Search):
* lisp/register.el (register-preview-function): Fix typos.

C Mode: Don't fontify foo globally as type due to "struct foo"

This fixes bug#64322.

* lisp/progmodes/cc-langs.el (c-typeless-decl-kwds): Make the
entry for c-mode nil.

* lisp/rect.el (rectangle--duplicate-right): Fix rectangle dup bug.

This is a necessary adjustment to changes to rect.el in Emacs 29.

; * test/lisp/misc-tests.el (ert): require misc to avoid warning

; * lisp/bookmark.el (bookmark-bmenu-locate): Doc fix (bug#64370).

; Fix last change

* lisp/menu-bar.el (menu-bar-file-menu, menu-bar-search-menu)
(menu-bar-replace-menu, menu-bar-project-menu)
(menu-bar-buffers-menu-command-entries): Fix help-echo text (bug#63469).

Add project command entries to the menu-bar

This will make it easier for new users to learn these increasingly
important and useful commands.  (Bug#63469)

* lisp/menu-bar.el (menu-bar-file-menu): Add project-dired and
project-find-file entries.
(menu-bar-search-menu): Add project-find-regexp entry.
(menu-bar-replace-menu): Add project-query-replace regexp entry.
(menu-bar-shell-commands-menu): Add project-shell entry.
(menu-bar-buffers-menu-command-entries): Add project-switch-to-buffer
and project-list-buffer entries.
(menu-bar-project-menu): Add.
(menu-bar-tools-menu): Add "Project" submenu, and also project-compile
entry and change text for compile entry.

; Improve documentation of text-property-search-* functions

* doc/lispref/text.texi (Property Search): Improve wording and markup.

* lisp/emacs-lisp/text-property-search.el (text-property-search-forward)
(text-property-search-backward): Doc fixes.  (Bug#64367)

; * etc/PROBLEMS: Mention MinGW problems with -D_FORTIFY_SOURCE=2.

; Improve doc strings in register.el

* lisp/register.el (register-preview-delay)
(register-describe-oneline, register-preview-default)
(register-preview-function, register-preview, point-to-register)
(window-configuration-to-register)
(frame-configuration-to-register, jump-to-register)
(register-val-jump-to, number-to-register, increment-register)
(view-register, list-registers, register-val-describe)
(insert-register, register-val-insert, copy-to-register)
(append-to-register, prepend-to-register)
(copy-rectangle-to-register): Doc fixes.

; Fix @xref in last change to doc/emacs/regs.texi.

; Fix tree-sitter C binding typos in Elisp manual.

Improve documentation of registers

* doc/lispref/text.texi (Registers): Document buffers in
registers.  Mention "frameset" as another name for "frame
configuration".
* doc/emacs/regs.texi (Registers, Configuration Registers)
(File and Buffer Registers): Clarify and improve wording.  Add
cross-references and indexing.
(Configuration Registers): Rename the section to a more accurate
name.  (Bug#64354)

* lisp/register.el (jump-to-register, point-to-register)
(register-alist, frame-configuration-to-register): Doc fixes.
(Bug#64353)

Use a temporary buffer in nnagent-request-set-mark (bug#64117)

Commit cb12a84f2c519a48dd87453c925e3bc36d9944db inadvertently removed
the use of a temporary buffer in nnagent-request-set-mark.  Bug and
fix reported by Jens Schmidt <jschmidt4gnu@vodafonemail.de>

* lisp/gnus/nnagent.el (nnagent-request-set-mark): Restore the use of
a temporary buffer that was inadvertently removed.

(cherry picked from commit 5075d752773c31d959272a7e2b73b1dc38ba184c)

Merge branch 'emacs-29' of git.savannah.gnu.org:/srv/git/emacs into emacs-29

; * lisp/calculator.el (calculator-need-3-lines): Fix last change.

Support cons cell as value of ':line-width' box attribute

* lisp/calculator.el (calculator-need-3-lines): Support
values of a face's ':line-width' box attribute that are
cons cells.  (Bug#64344)

Copyright-paperwork-exempt: yes

; * admin/notes/tree-sitter/treesit_record_change: Update.

Add missing calls to treesit_record_change in editfns.c

These should be all that are missing.  See the next commit for detail.

* src/editfns.c (Ftranslate_region_internal):
(Ftranspose_regions): Call treesit_record_change.

Call treesit_record_change in subst-char-in-region (bug#64329)

* src/editfns.c (Fsubst_char_in_region): Call treesit_record_change in
the else branch.

; * lisp/misc.el (duplicate-line-final-position): Fix last doc change.

Repeat after me: "The first line of a doc string must be a single
complete sentence."

; * lisp/misc.el (duplicate-line-final-position): doc precision

; Fix documentation of ':box' face attribute

* lisp/faces.el (set-face-attribute): Update the documentation of
WIDTH in the :box face attribute.  (Bug#64344)

* lisp/misc.el (duplicate-line-final-position): New defcustom (bug#64185).

* lisp/misc.el (duplicate-line): Use it.

* test/lisp/misc-tests.el (misc--duplicate-line): Add tests for
duplicate-line-final-position.

Don't merge to master.

Make js-beginning-of-defun return non-nil on success

The docstring of 'beginning-of-defun-function' says that the
function shall return non-nil when it found the beginning
of a defun.  This is specially important because the calling
code decides when to move point depending on the return value.
* lisp/progmodes/js.el (js-beginning-of-defun)
(js--beginning-of-defun-flat): Return non-nil when the beginning
of a defun is found.  (Bug#64283)

* test/lisp/progmodes/js-tests.el (js-mode-end-of-defun): Add a unit
test.

Tree-sitter use with-silent-modifications like jit-lock (bug#64321)

* lisp/treesit.el (treesit--font-lock-notifier): Use
with-silent-modifications when marking modified text to be fontified
by jit-lock.  This is what jit-lock itself does.

Fix todo-mode.el Commentary and a doc string (bug#64298)

* lisp/calendar/todo-mode.el: Explicitly note in the Commentary
that the Todo mode user manual is a separate Info manual in the
Emacs installation.
(todo-always-add-time-string): Replace doc string, which was
mistakenly retained in the initial merge of this version of
todo-mode.el, by a correct description of this user option.

Prevent truncation of todo-mode categories sexp

* lisp/calendar/todo-mode.el (todo-delete-file)
(todo-move-category, todo-convert-legacy-files)
(todo-update-categories-sexp, todo-check-format):
Bind print-length and print-level to nil before using prin1
and related functions, to avoid truncating the todo categories
sexp and possibly corrupting the file format.

Avoid making todo-mode buffers manually editable

* lisp/calendar/todo-mode.el (todo-add-category)
(todo-move-category, todo-edit-item--header)
(todo-set-item-priority, todo-move-item, todo-item-undone)
(todo-archive-done-item, todo-set-category-number): Restrict the
scope of nil buffer-read-only to the function calls that change
buffer text, thereby preventing todo mode buffers from becoming
manually editable and hence possibly corrupted when the minibuffer
is in use.

; * doc/lispref/variables.texi: Fix define-obsolete-variable-alias arglist

The WHEN argument is not optional anymore (bug#64312)

Copyright-paperwork-exempt: yes

; Document that 'named-let' needs lexical-binding

* doc/lispref/variables.texi (Local Variables): Warn that
'named-let' only works under lexical-binding.  (Bug#64290)

; * etc/PROBLEMS: Fix typo.

Fix Tramp mount-spec (don't merge)

* lisp/net/tramp-fuse.el (tramp-fuse-mounted-p): The mount-spec
could contain an optional trailing slash.  (Bug#64278)

Fix VC package build when doc file isn't in a subdir

* lisp/emacs-lisp/package-vc.el (package-vc--build-documentation):
Expand 'file' before attempting to get its directory.  (Bug#64242)

; * doc/emacs/package.texi (Fetching Package Sources): Fix typo (bug#64282).

Fix type check in tramp-get-buffer-string

* lisp/net/tramp.el (tramp-get-buffer-string): Check, that BUFFER
is really a bufferp.

; Fix typo in maintaining.texi (bug#64279)

* doc/emacs/maintaining.texi (Log Buffer): Fix a typo.

; * doc/lispintro/emacs-lisp-intro.texi (car & cdr): Fix typo.

(cherry picked from commit 0ebedd0119c1bc3c1f55e873385a01e97f102766)

Clarify list terminology

* doc/lispintro/emacs-lisp-intro.texi (Lists diagrammed):
Mention "cons cell".  Add index entries.
(car & cdr): Simplify etymology of `car' and `cdr'.
Explain why for some purposes they are better than `first' and `rest'.
Mention cons cells.

(cherry picked from commit 188c90c7c111dbbdc3edd29c23b59ade26f97bfd)

* lisp/emacs-lisp/shortdoc.el: More and better `substring` examples.

Suggested by Juri Linkov.

Fix "C-x RET r" when the new encoding is UTF

* src/fileio.c (Finsert_file_contents): Update point of
'conversion_buffer' before decoding the last block.  (Bug#64253)

; Mention MinGW64 GCC 13.1 problems in PROBLEMS

* etc/PROBLEMS: Mention the problems building with MinGW64 GCC
13.1.  (Bug#63365)

Fix "vc-print-log does not erase buffer" and associated problems

* lisp/vc/vc.el (vc-deduce-fileset): Make sure to retain the
buffer switch (if it did), bug#63949.

Add selector_expression indentation rule

* lisp/progmodes/go-ts-mode.el (go-ts-mode--indent-rules): New rule.

Add "nixd" LSP server to Eglot

* lisp/progmodes/eglot.el (eglot-server-programs): Add "nixd".
Patch by Brian Leung <leungbk@posteo.net>.  (Bug#64214)

Fix building --with-native-compilation=aot from release tarball

* lisp/Makefile.in (%.eln): Pattern rule for AOT native
compilation.
(compile-eln-targets, compile-eln-aot): New targets for AOT native
compilation.

* src/Makefile.in (../native-lisp): If NATIVE_COMPILATION_AOT is
set, also native-compile all the other Lisp files.
(Bug#64167)

Fix bug#64152 (Minibuffer sometimes goes "modal")

In particular, when a frame has no minibuffer and is using that
of a different "normal" frame, C-x 5 o, etc., and GUI
operations fail.

Fix by partially reverting the commit from 2022-07-07 15:38:09
+0000 "Remove obscure, obsolete code from do_switch_frame".  As
a consequent change, also revert the commit from 2022-07-08
20:19:03 +0000 "Remove now unused parameter TRACK from
do_switch_frame".

* src/frame.c (do_switch_frame): Restore the TRACK parameter.
Restore the code which redirects the frame focus when a new
frame gets selected.

* src/frame.c (Fselect_frame, Fhandle_switch_frame)
(delete_frame)
* src/keyboard.c (quit_throw_to_read_char)
* src/lisp.h (do_switch_frame prototype)
* src/minibuf.c (read_minibuf_unwind)
* src/window.c (Fset_window_configuration): Restore the TRACK
argument to do_switch_frame.

* src/xterm.c (x_try_restore_frame): Add a zero TRACK argument
to do_switch_frame.

Disable target-async by default in gdb-mi.el

* lisp/progmodes/gdb-mi.el (gdb-non-stop-setting): Disable until
bug#63084 is fixed.  (Bug#64186)

Revert "Fix parsing of dn line if WITHDN is non-nil"

This reverts commits 71b27779a9a and d2246b26275, because they change
the return value of "ldap-search" in an incompatible way.  The fix
(a different one) will be done on master instead (bug#64089).

Don't truncate filenames with "emacs.el" in them

* lisp/emacs-lisp/find-func.el (find-function-search-for-symbol):
Avoid false positives when looking for "emacs.el" matches the
likes of "emacs.elpa".  (Bug#64143)

Improve documentation of 'minibuffer-message'

* doc/lispref/minibuf.texi (Minibuffer Misc): Clarify that
'minibuffer-message' behaves like 'message' if called from a
buffer that is not a minibuffer.

* lisp/minibuffer.el (minibuffer-message)
(set-minibuffer-message, clear-minibuffer-message): Doc fixes.
(Bug#64165)

Eglot: again fix positions of coinciding inlay hint overlays (bug#64101)

This bug originated from the previous fix, and is reproducible on non
Mac OS platforms, as long as the very latest version (at time of
writing) of the rust-analyzer server is used.

* lisp/progmodes/eglot.el (eglot--update-hints-1): Reverse
priorities when pegging overlays after (i.e. when before-string is
used).

; Update ChangeLog.4 and etc/AUTHORS.

* lisp/ldefs-boot.el: Regenerate.

Bump Emacs version to 29.0.92

* README:
* configure.ac:
* nt/README.W32:
* msdos/sed2v2.inp: Bump version to 29.0.92.

Describe primarily the Emacs s-exp dialect for treesit queries

* doc/lispref/parsing.texi (Pattern Matching, Multiple Languages):
Writing tree-sitter queries as Emacs s-expressions is much more
convenient than using the native query notation inside a string,
so it makes sense to base the documentation on the former dialect
(bug#64017).

; Improve documentation of overlay priorities

* doc/lispref/display.texi (Overlay Properties): Don't advise
against using overlay property values that are cons cells.
(Bug#64101)

Fix documentation of :predicate in 'define-globalized-minor-mode'

* doc/lispref/modes.texi (Defining Minor Modes):
* lisp/emacs-lisp/easy-mmode.el (define-globalized-minor-mode):
Document that :predicate creates a customizable user option.
(Bug#64048)

Revert "Fix some tree-sitter :match regexps"

This reverts commit 95091b77f0bbb2ae1aa94ef4a413626e7d434d58
of 2023-06-17, mistakenly pushed to emacs-29.

The patch will be installed on master instead, and backported later,
after Emacs 29.1 is released (bug#64019).

Do not merge to master.

Merge branch 'emacs-29' of git.sv.gnu.org:/srv/git/emacs into emacs-29

Merge branch 'emacs-29' of git.sv.gnu.org:/srv/git/emacs into emacs-29

Require ls-lisp in Tramp only when needed

* lisp/net/tramp-compat.el (ls-lisp): Require only on MS Windows.
(Bug#64124)

* lisp/net/tramp-sh.el (ls-lisp-use-insert-directory-program): Declare.
(tramp-sh-handle-insert-directory): Simplify.

* lisp/net/tramp.el (ls-lisp-use-insert-directory-program): Declare.
(tramp-handle-insert-directory): Require ls-lisp.  Simplify.

After minibuffer action, don't make the minibuffer current

This fixes bug#63967.

* src/minibuf.c (minibuffer_unwind): After restoring the next
minibuffer outwards to the mini window (when
enable-recursive-minibuffers is non-nil), don't call
Fset_frame_selected_window, which used to set the current
window to be the mini window.

Fix some tree-sitter :match regexps

The shy groups were caught by modified versions of the GNU ELPA
packages xr and relint:
- https://github.com/mattiase/xr/pull/6
- https://github.com/mattiase/relint/pull/14

* lisp/progmodes/ruby-ts-mode.el (ruby-ts--s-p-query): Quote special
character in regexp.
* lisp/progmodes/java-ts-mode.el (java-ts-mode--font-lock-settings):
* lisp/progmodes/js.el (js--plain-method-re):
(js--treesit-font-lock-settings):
* lisp/progmodes/rust-ts-mode.el (rust-ts-mode--font-lock-settings):
* lisp/progmodes/typescript-ts-mode.el
(typescript-ts-mode--font-lock-settings): Replace character
alternative [\\d], which matches '\' or 'd', with the most likely
intention [0-9].  Fix shy groups mistyped as optional colons.
Remove unneeded numbered :match group in rust-ts-mode (bug#64019).

Eglot: fix relative position of coinciding inlay hint overlays (bug#64101)

Only seems to happen on certain platforms, like Mac OS.  Reason
unknown reason so far, but this defensive fix seems safe.

* lisp/progmodes/eglot.el (eglot--update-hints-1): Explicitly put
priority in inlay hint overalys.

; * doc/lispref/display.texi (Display Tables): Remove extra parens.

Fix documentation of comment-dwim (bug#64104)

* lisp/newcomment.el (comment-dwim): Doc fix.

* doc/emacs/programs.texi (Comment Commands): More accurate
description of what 'M-;' does when there's no active region.

; * lisp/net/ldap.el (ldap-search-internal): Fix last change.  (Bug#64089)

Fix parsing of dn line if WITHDN is non-nil

Function `ldap-search' errors out with `wrong-type-argument listp'
when called with WITHDN non-nil.
* lisp/net/ldap.el (ldap-search-internal): Parse the dn line
correctly so that `ldap-search' can grok it.  (Bug#64089)